万历皇帝在位的时间里，在东北、西北、西南取得了三次重大的军事胜利，史称“万历三大征”。这三次战役虽然取得了胜利，但也使明朝元气大伤。据史料记载：“二十年，宁夏用兵，费帑金二百余万。其冬，朝鲜用兵，首尾八年，费帑金七百余万。二十七年，播州用兵，又费帑金二三百万。三大征踵接，国用大匮。”其中，宁夏之乱前前后后七个月，时间很短，其实宁夏之乱在万历初年就已经埋下祸根。
回到隆庆五年，内阁首辅高拱、张居正抓住把汉那吉内奔的机会，与鞑靼部达成隆庆和议。俺答汗、黄台吉为顺义王时，双边开展贸易活动，边境相对安然，但是军事冲突仍时有发生。万历十三年（年）黄台吉死，扯力克即位，更是对明朝“顺逆不常”，边境再次紧张。万历十八年（年）扯力克以青海礼佛为名，与游牧于青海的火落赤部、真相部互为声应，举国震动，史称“洮河之变”。神宗闻讯，派右佥都御史郑洛为陕西、甘肃、山西等七镇经略，主持西北边疆事务，同时停止隆庆五年以来与鞑靼部的贡市贸易。
万历十九年（）春魏学曾以兵部尚书总督陕西、延、宁、甘肃军务。但是郑洛主张招抚，而魏学曾主战，陕西巡抚叶梦熊大多支持魏学曾。在这种边疆多事之秋，石星于万历十九年九月由户部尚书改为兵部尚书，开始主持日常军事事宜。他认为扯力克向东返回，宣、大事情紧急，遂决定召回郑洛商议战抚之策。这时，明代已陷入了“外实修和，内欲兼战，修和则仍不免以克削为媚虏之资，兼战则徒有操练无望首功”的境遇，以至于官场中对“隆庆和议”发展成这样的现状颇有怨言。
洮河之变后，朝议动辄宣称封贡失策应该决战，“适遣官，皆以刻核相尚，而宁夏中丞党馨尤苛，敛啬施失人心”。万历二十年，宁夏拜兵变，于二月十八日杀死了巡抚党馨和河西副使石继芳，三边震动，而蓟辽晋豫的报告一份连着一份。石星接到消息愤慨的说：“贼跳梁，人神共愤，此不先行天讨，何以张皇威而寒胡胆乎，他弄兵者当次第平之耳”。宁夏前方的战况牵动着朝廷的神经，大臣们纷纷献计献策。
兵部尚书石星鉴于“兵变”的多发性，以及党馨事事加以裁抑所激发的矛盾，在积极准备征战的同时，还希望能通过招抚解决问题。他同时指出：“黄河大坝之水，比宁夏西塔顶高数丈，若决坝灌城，贼可立厄。但城中宗室生灵甚众，相应亟行魏学曾遣敢死士，持钦定货格，明示祸福，全城中人自为计。如数日内不擒斩逆酋来献者，即将坝水决开，一城之人尽为鱼鳖”，希望以此瓦解宁夏城叛军的力量、分化他们的势力，离析出宁夏城内的反拜力量，从而达到事半功倍的效果。他提出这一上疏，与其说是一种战争方式，不如说是作为逼迫拜接受招抚的一种政治手段。也正基于此认识，石星在写给魏学曾的信中也透露出他不愿太多人转入战争成为牺牲品的招抚思想,“诚不欲以滥杀种祸，彼能束手，则死囚数人足代了事也。”
石星作为兵部尚书竭尽日夜之力，以魏学曾为总督，梅国桢为监军，刘承嗣、董一奎、李如松等为大将，并向神宗请求加饷以充裕军队，请遏敌道以断绝外部的支援和响应。在宁夏战场的总督魏学曾一方面派兵沿河堵截，以防叛军南渡；一方面率部阻击河套部骑兵接援，迫使拜等龟缩于宁夏镇城内，同时官兵也因为粮饷不继进攻受阻，一时也很难集结军队再战。总督魏学曾向神宗报告：“宁夏叛逆未平，套部骑兵又从旁侵扰，势难两头兼顾。请求皇上下令增发宣府、大同兵马助战”。
石星鉴于魏学曾顾此失彼的处境，请求宣大总督挑选精锐兵丁，由总兵李如松统领，兼程前往支援。神宗批准了请求并下旨：“魏学曾刻期剿贼，功在垂成。宣大兵可亟催前去助战御虏，毋得迟延”。万历二十年六月，都御史叶梦熊到达灵州，调来神炮器四百车，李如松、梅国桢率辽阳、宣府、大同兵抵达宁夏城南，切断拜与蒙古军的联络。宁夏战场已经积聚了相当精锐的军事力量，但是战况仍无好转。神宗对讨伐拜数月仍无结果很是不满。这时候，石星“手疏长跪乾清门泣曰：贼之不平由于诸将观望，由于总督权轻，请赐总督魏学曾尚方剑，不用命者齿之，如十日不捷，请斩臣头，以明欺罔。”神宗皇帝赐予魏学曾尚方宝剑，以赋予生杀予夺之权，从而统一政令、军令。
这时，魏学曾试图听从石星的建议采取招抚的方式解决，意欲招抚刘东旸、许朝，先派兵卒叶得新前往，但叶得新被打伤下狱没能成功。后又派曾任宁夏总兵并与拜友善的张杰前往劝抚，张杰也被软禁起来。在宁夏城内也有不甘于为拜劫持之人愿为内应，城中百户姚钦、武生张遐龄射书城外约夜半举火为号，但外兵没能及时到达。拜洞悉后杀害了五十多人，仍有人吊索从城内逃到明军驻处。魏学曾针对招抚可以有所作为的现状向皇上提议以招抚代替征战。神宗认为招抚是奇耻大辱，厉斥他说：“叛贼抵拒王师，屡生变诈。魏学曾每凭懦将，堕其奸计，好生负委任!这招安事情不得轻信堂堂天朝，因此么么小丑，连兵累月，未克荡平，岂不辱国。秋高马肥，事在须臾。若复延迟怠误，罪有所归。”这时神宗又接到了梅国桢的报告，报告声称魏学曾督战不力领兵无方，神宗阅后大怒，遂逮捕魏学曾。
明神宗任命叶梦熊以兵部右侍郎总督陕西三边军务，并赐尚方宝剑。神宗就此事作了如下部署：一是“主帅军令不严，何以督率军士!梅国桢既具疏前来，可即马上传与叶梦熊知，着他申明前旨：总副官(总兵、副总兵)及三品以上，有抗违妒功的便指名参来重治；其三品以下的，以军法从事”；二是“其决(黄河)水灌城之谋，毋得异同误事”；三是“军士久困，着重赏他”；四是“魏学曾着锦衣卫察的当宫校扭解来京(审)问”；五是“还着监军梅国桢记录功罪，不时参奏”。石星对皇上临阵换将有所顾虑，担心将心不一。神宗认为：“宁夏讨贼无功，皆因主帅军令不肃。叶梦熊既受新命，军中事宜受他节制，听他便宜行事，诸将不用命的，就以军法处斩。”
叶梦熊一贯主战，在顺义王扯力克顺逆不常时，即已主张作战，只因为首辅申时行主张息事宁人并把他调往贵州才算完事。如今叶梦熊上任伊始就雷厉风行的展开行动，决黄河水灌宁夏城。汹涌的黄河水顿时淹没了宁夏城，“城中乏谷，士尽食马，马余五百骑民食树皮败靴，死相属”。明军一边向宁夏叛军发去檄文，限令收到檄文三日后开关迎降，一边派总兵李如松与麻贵、李如樟左右夹击。九月八日，南关城墙也崩塌。叶梦熊一面调舟筏佯攻北关，诱使承恩、许朝奔赴北关应战；一面命令李如松、萧如薰在南关埋伏精锐兵力，待机攻城，军民里应外合攻破南城，仅剩下防卫坚固的大城。监军梅国桢巧施离间计。九月九日，刘东旸杀死杜文秀；九月十六日，承恩与毕邪气杀许朝及其子许万锺，毕邪气又杀刘东旸。于是李如松、杨文率军登城，萧如薰、麻贵、刘承嗣随后跟进，攻进宁夏大城。九月十七日，承恩被参将杨文擒服，拜畏罪自缢。九月十八日，总督叶梦熊、巡抚朱正色、御史梅国桢等官员进入宁夏大城。宁夏拜叛乱至此宣告平定。
官军之所以能够兵不血刃的平定宁夏城，固然是指挥官统筹全局、调度有方，但叛军自身也有很大的问题。这次拜之乱也不过是在兵变的基础上发展而来的，这与士兵待遇及粮饷问题密切相关。而拜叛乱集团也只是因为暂时利益而结合，缺乏共同的目标，更谈不上共同的信仰，只要利益产生冲突就很可能走向瓦解，采取各个击破的和议之举并不是没有希望的。后来并不高明的离间计之所以能够发生作用，正是以此为基础的，从这个意义来说，前期的和议之举并不是一无是处的。
在平定宁夏叛乱的战争中，掘河灌城时已经距离石星上《请掘河灌城疏》有六个多月时间。石星之所以上疏后没有督促魏学曾马上执行这一策略正是基于是胁迫之措施而非战争之手段的认识，不想看到“一城之人尽为鱼鳖”的结局，希望尽可能的以采取招抚的方式解决。而万历皇帝下了“其决(黄河)水灌城之谋，毋得异同误事”的旨意，有杀伐决断之魄力的叶梦熊执行了这一旨意，最终造成了水漫宁夏城这一结局，而今人却让石星独自背负“决河灌城”的罪责，而很少提及其勤勤恳恳平定宁夏的功劳。拜叛乱的平定，宣扬了明朝在西北边境的国威，沿边的蒙古各部慑于威势，相当长一个时期不敢轻易入塞骚扰。
拜之乱的发生存在着制度性的原因。一方面，明代实行以文制武的统治策略。文官的地位权力要凌驾于武官之上，文官每每借助这种地位对武官进行压制裁抑。这就造成了文武官员之间的尖锐矛盾。另外一方面，明代中期开始，主将往往拥有一支家丁武装，这支军队战斗力很强，给养丰厚。家丁对主将具有一定的人身依附关系，带有很强烈的私兵色彩，也就为武将反叛提供了军事基础。第三，随着明初屯田制度的崩坏，军士的生活日益贫困化。
国家虽然为边军提供粮响，但是由于财政拮据，因此军晌多有欠发，再加上边将克扣使得军士生活极其困难，造成军心不稳，这成为兵变的诱因。
可以这样说，这些普遍存在的问题就是明朝政府所面临的制度性困境。当时的有识之士能够看到这些问题，也能够充分认识到其严重性，并且也试图对制度进行修正和改良。但是如果我们把任何制度都看成只是政治体系的一个组成部分的话。那么我们也就应该认识到在进行制度设计的时候，都应该从系统与全局的观点来审视这个问题。所谓牵一发而动全身，任何试图对局部的制度进行改良的努力都会造成对原有制度的影响与冲击。同样原有制度所带有的惯性也会对这样的改良进行抵制与消减。
如果整个政治体系甚至是社会体系没有发生改变的话，试图通过局部的小修小补，通过“头痛医头脚痛医脚”的办法来达到改革预想的目的，都只能是坐而论道的空想而已。不仅如此，即使我们能够设计出一个良好而且能为人们所接受的制度，如何去保证制度的设计能够充分地得到实现如何使制度的激励职能与约束职能得到充分的发挥呢？这又是一个难以克服的问题。从中国古代皇权国家’的行政能力来看。一方面官僚层会对制度实施，进行歪曲和抵触。另外一方面，国家有限的行政控制力也难以保证国家对政策实施的监督能够得以实现。何况，任何的制度改革都会对在原有制度之下享有利益的特定集团产生不利影响。
如果我们考虑到以上多方面的问题我们就会得出这样的一个结论：古代皇权国家的政治改良总会受到多种因素的制约，最后往往会半途而废。甚至带来较之改革前更为严重的不利后果。特别是那些对官僚集团的既得利益造成直接损害的举措更是如此。
明朝的边军与边镇就存在着这样的问题。明朝长期面临所谓“北虏”的严重威胁，为了强化边境的防御能力，那么就应该加强军队特别是将领的权力，以便于其指挥调度施展将略。还应该加强军队的后勤供应和日常训练，如此才能够有效地加强军队的战斗力。但是这些加强军队建设的举措会面临以下的几个问题。
第一，皇权国家实现稳固统治的威胁不外两端：内忧和外患。外部威胁，远在边境，尚为肢体之患。而内部的危机对国家统治造成的威胁显然会更加严重，实为腹心大患。特别是军队。一方面其作为国家的武力机器是维护统治的重要支柱，但是如果驾驭不当，将领事权过重则更易使其产生对中央的离心力。其善者亦多拥兵自重，如果将领具有较大的政治野心，则带领军队发动叛乱亦在所难免。中国历史上由于国家对军队的控制力度不足、制度不完善而造成的反叛事件，可谓史不绝书。
第二，从更有利于维护统治起见，有远见的统治者总是倾向于加强对于军队的监督和制约。宁可牺牲掉一部分战斗力，也要保证牢固控制军队。因此就需要曲为之制，通过周密的监督和制约机制来实现对军队有效的控制。显然，更为认同君主统治的文臣更适合去充当这一机制的执行者。因此，重文轻武、以文制武就成为这一思路的必然结果。那么，在这种制度之下，将领受到文臣的压制裁抑，力不得伸。以致文武之间矛盾重重也就在所难免了，其在明代中后期的边镇之中普遍地存在着。自正德之后，频频发生的边军哗变事件就已经充分地说明，明朝政府在边境地区的控制能力是非常薄弱且不稳固的。既然制度上的问题难以解决，此时，兵变是否发生在很大程度上更取决于在这些边镇任职的主管官员。如果朝廷任用得人，主管官员体恤士卒，又具有足够的能力和威信来领导军队。及时震慑军中出现的哗变鼓噪活动的蛛丝马迹，将其消灭于萌芽状况。并采取一些得力措施来安抚部众的话，则还可以消弹兵变。倘若朝廷官员委任不当，对士卒一味严苛，不得人心。又不能有效地发现和制止军中异变的话，那么就极容易激起兵变。
现在我们看待万历二十年的宁夏兵变应该把它放在整个晚明历史中来加以评价。关于万历一朝《明史》神宗赞曰“论者谓明之亡实亡于神宗。”’黄仁宇在其《万历十五年》一书中的评价也颇为著名“年，是为万历十五年丁亥次岁。表面上似乎是四海升平，无事可记，实际上我们的大明帝国却已经走到了它发展的尽头。在这个时候，皇帝的励精图治或者宴安耽乐，首辅的独裁或者调和，高级将领的富于创造或者习于苟安，文官的廉洁奉公或者贪污舞弊。思想家的极端进步或者绝对保守。最后的结果，都是无分善恶。统统不能在事业上取得有意义的发展，有的身败，有的名裂，还有的人则身败而兼名裂。因此我们的故事只好在这里作悲剧性的结束。万历丁亥年的年鉴，是为历史上一部失败的总记录。”
万历二十年，虽然宁夏兵变、倭犯朝鲜、播州杨应龙叛乱几乎同时发生，但是，由于有张居正改革所打下的良好基础，而且当时政治社会状况还算比较稳定，因此明朝有能力在西北、东北、西南同时展开三次重大军事行动。并且取得了重大的胜利，是明代后期军事史上的光辉一页。因此对于万历三大征，历史上一直给予较高的评价。诸如茅瑞征《万历三大征考》、瞿九思《万历武功录》这几部书的出现绝不是偶然的。除了平定宁夏兵变和历来为人所重视的援朝抗倭之役以外，平定播州杨应龙之乱也具有非常深远的意义。播州由杨氏统治历经八百余年。自此杨氏土司被消灭，明朝在当地实行了改土归流，对国家加强这一地区的控制有极大的好处。
茅瑞征如此评价“是役征调兵凡二十万，出师逾百日……而逆酋授首，辟要荒为郡邑。遂为西南一大捷。”朱国祯也认为“悉天下之力平二千里，为国家辟土开疆此盛事也。”不过在胜利的背后，我们却依然能非常清楚地看到明朝军政体系所存在的严重问题。前面说过明朝中后期存在着以文抑武的情况，这种现象此后也一直没有得到有效的改观。同样家丁武装虽然是拜之乱中的骨干力量，但是明朝政府却无法将其废除。我们反而会发现明朝后期的战争中将领对家丁愈发倚靠。
万历后期调兵援辽“各镇将官带去家丁多系雇募”。吴三桂有“夷丁突骑数千，尤为雄悍，敌望之则遁”。金州参将沈挺之的家丁罗进忠，与农民军作战“跃马弯弓连射之，则应弦而倒贼众披靡”。甚至朝廷也是谈论“聚兵则以壮士家丁议”。这种做法的弊端非常明显。除了将领往往凭借家丁拥兵自重外，明末戴笠说明朝边将“一万额兵止有六千，以四千为交际、自给、养家丁之用。沿袭既久，惟仗家丁以护遁、冒功而视彼六千为弃物。弃物多而家丁少终不能御敌”。顾诚在论述明末家丁武装的时候指出“家丁制度是明朝后期军政败坏情况下出现的一种畸形产物，它标志着官军由维护整个地主阶级统治的力量蜕变为将领们谋取个人私利的工具”。从长期来看，家丁制度在很大程度上导致了明朝军事机器的腐朽和衰退。
以上所说的几个制度性问题终明一代都没有能够得到有效的解决。因此，随着政治经济状况的继续恶化，明朝的统治危机也就日益严重。在这样的情况下，明朝的统治最后不可避免地走向衰亡。拜之乱虽然历时只有七个多月，所涉及的区域也基本上限于宁夏镇附近地区，但是它在当时具有非常重大的影响也造成了极大的破坏与消耗，也充分地折射出了明朝军政体制中存在的这些严重的制度性缺陷。因此，审视这段历史，对于我们理解万历朝乃至整个晚明时代都具有非常深远的意义。
